在太一一行人告別數碼世界後數碼世界並沒有就此關閉朝向人類的大門而數碼世界的內部卻沒有太平多少時日就又開始了紛爭 　　數碼世界急需一批被選中的孩子來維護數碼世界和人類世界的和平太一、阿和、素娜等人都已先後成為了初中生沒有太多精力和時間能夠和數碼寶貝們一起並肩作戰隻有阿武和小光成為了新一代的領頭人被選中的孩子有本宮大輔（木內玲子 配音）、井之上京（夏樹莉緒 配音）、火田伊織（夏樹惠 配音）等人和他們一同戰鬥的除了亞古獸、加布獸等還有新的數碼寶貝參與於是在第一代數碼人的帶領下新的數碼寶貝和守護者們開始了同邪惡勢力的作戰……